국방부에서 주관하여 선발하는 제도는 특별한 경우입니다. 부사관의 선발은 육군ㆍ해군ㆍ해병대ㆍ공군이 각자 자신의 군에 근무할 부사관을 직접 선발하는 것이 원칙입니다. 군의 특성이 서로 명확히 다르기 때문에 최초 선발부터 해당 군에서 근무할 사람을 선발하고, 지원자 입장에서도 자신이 희망하는 군을 선택하여 나중에 부사관으로 임관한 뒤 근무하게 될 부대와 임무, 근무지역을 예상해볼 수 있습니다. 하지만 특수한 임무를 수행할 부사관을 각 군이 아닌 국방부에서 별도로 선발하여 교육훈련 시킨 뒤 임관하게 되는 선발제도를 시행하고 있습니다.